此外，黨內有人分析，馬英九如遭起訴辭去黨主席，必然有要參選黨主席的人馬出線，也可能有黨內菁英表態爭取2008年黨內提名，已有國民黨大老憂心，國民黨可能面臨政權輪替后最嚴重的分裂危機。親馬人士透露，馬英九如決定“快刀斬亂麻”宣布棄選，也有讓國民黨繼續維持團結、改革的用心。
此外，對于馬英九若因特別費起訴考慮棄選的消息，在國民黨內投下震撼彈。基層一片不讓馬英九退黨、退選聲浪。
27日的國民黨行動中常會，焦點集中在馬英九特別費與黨內團結問題。“立委”陳杰表示，基層沒有人相信馬英九會貪污，但這個案子確實有可能起訴，但國民黨不能沒有馬英九的領導；“我們要尊重司法，但司法也不是百分之百公平。”
中常委林滄敏表示，民進黨已揚言若檢察官侯寬仁不起訴馬英九，就要包圍侯寬仁，“這最不智”，若國民黨也跟進，對司法會產生不利的影響。但“立委”陳朝容有不同意見，他主張一人一通電話給侯寬仁，若起訴馬英九就要包圍“地檢署”，他反對馬英九溫良“儉恭”讓的領導方式，認為馬英九自己要檢討。
前“國代”陳美子對馬英九說，“你不能有一絲一毫不如歸去的感覺”，即使起訴，也是為了平衡阿扁的案子，馬英九千萬不能中計，要以“立法院長”王金平做后盾。
彰化縣議長白鴻森表示，黨內一定要有“必勝組合”，團結的國民黨不一定可以打贏民進黨，但分裂的國民黨一定輸民進黨。“立委”陳杰表示，若馬英九被起訴，并辭去黨主席，會造成黨內紛爭與不團結，國民黨不能一日無黨主席，若多人競爭黨主席，國民黨將再一次分裂，陷入民進黨的圈套中。
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