清康熙元年(1662年)鄭成功收復臺灣后，在臺灣建立明鄭政權，把中華儒學傳統帶到臺灣。明鄭政權所宣揚的儒學有明顯的時代特征，這與鄭成功對儒學的理解密切相關。
鄭成功是福建南安人，21歲時，他作為貢生進入南京國子監，拜浙江虞山人大儒錢謙益為師。鄭成功特別喜愛《春秋》，受浙東學派的深刻影響，所學均以經世致用為目的。鄭成功收復臺灣后，把強調華夷之辨、注重漢民族大義，反抗外族入侵，主張經世致用的浙東學派儒學傳統帶到臺灣。鄭成功去世后，陳永華繼續弘揚浙東學派的儒學傳統。
清朝統一臺灣后，繼續在各地興辦學校，大力推崇朱子學。經過清廷大力宣揚，朱子學取代浙東儒學，成為臺灣儒學的主流。19世紀以后，隨著民族危機的加重，尊王攘夷的儒學傳統在反抗外國侵略的旗幟下復興，它與朱子學中忠孝節義思想融為一體，成為臺灣人民反抗外來侵略的思想武器。
光緒二十一年(1895年)，清廷簽訂《馬關條約》，將臺灣割讓給日本的消息傳出后，全國人民群起反對。割臺消息傳到臺灣，群情悲憤，儒生們站在反割臺斗爭前列。首先站出來大聲疾呼的是丘逢甲，這位進士出身的儒生，在中日甲午戰爭爆發后，就察覺日本侵臺野心，他散盡家財，組織義兵。《馬關條約》簽訂后，他怒不可遏，咬破手指，血書“抗倭守土”四個大字，號召鄉紳上書清廷反對割臺，但腐敗的清廷對臺灣儒生的請求無動于衷。在這種情況下，丘逢甲等士紳發表《告臺灣人民書》，號召民眾自發起來反抗日本侵略。
日軍入侵臺灣后，臺灣儒生奮起抵抗，涌現出許多可歌可泣的英雄人物。丘逢甲、許南英領導義軍抗戰，遭日寇通緝，在敗局已定的情況下，不得已逃回大陸。吳湯興、邱國霖、吳鎮y等人招募鄉勇，在臺中與日軍血戰。徐驤是苗栗族頭人，也是儒生，是原住民接受儒學的代表，散盡家財招募苗栗族人參加抗日。姜紹祖是丘逢甲的學生，散家產募義軍抗敵，毫無畏懼。這些儒生在戰場上視死如歸，給日軍很大打擊，最后都壯烈犧牲，譜寫了中華民族的正義之歌。
在武裝反抗斗爭被日本殘酷鎮壓以后，臺灣的儒生們只好采取保存中華文化傳統的方式，抵制日本殖民文化的入侵，其目標是傳承儒家文化，以等待時機，回歸祖國，表現形式主要有以下幾種：一是辦書房以傳儒學，二是結詩社以礪氣節，三是開鸞堂以崇儒教，四是建祠堂以顯宗族。儒學傳統在反割臺斗爭和抵制日本殖民文化中起著不可磨滅的重要作用。(來源：福建日報 作者：泉州師范學院教授 陳名實；福建師范大學教授 林國平)
