逾3/4項目涉及資金違規
工程一響，黃金萬兩！由于工程建設需要大量的鋼筋、水泥等原材料，一般涉及資金金額都較大，動輒上億元。尤其是此次審計的34個高等級公路項目，均屬于“五縱七橫”國道主干線重要路段或區域干線公路，概算總投資更是高達1662億元。巨額的資金，加上工程建設環節復雜，相關部門的資金違規現象很是嚴重。34個項目中有26個項目涉及資金違規，達到總數的逾3/4。
在資金違規的26個項目中，所涉及的交通主管部門及建設單位擠占挪用或利用關聯交易套取建設資金21.58億元。
其中，湖南、廣西等6個省(區)交通管理部門或其下屬單位利用關聯交易套取建設資金1.96億元。如，2000年至2005年3月，內蒙古自治區交通廳機關事務中心下屬的碎石場，在向呼和浩特至老爺廟高速公路提供的石料中，以虛列成本等方式套取建設資金1279萬元，其中70%上交自治區交通廳(至審計時已有413萬元用于招待和發放補貼等)，30%給了項目建設單位。
另外，吉林、陜西等省(區)26個高等級公路項目建設單位擠占挪用建設資金19.62億元。例如，至2004年底，吉林省四平至白山高等級公路建設單位挪用建設資金9608萬元，用于其他公路及市政工程建設等，并將市政工程建設投資費用等7226萬元擠入該高等級公路項目成本。
一半以上項目不嚴格招投標
工程建設的復雜程序中，招投標環節管理混亂是最容易引發經濟問題的環節。在此次審計中，盡管34個高等級公路項目都實行了招投標制度，但有多達20個項目執行招投標制度不嚴格，違規率高達55.5%。
有些項目涉嫌有幕后交易，個別項目還存在商業賄賂。
建設單位指定分包和施工單位違規轉分包是招投標環節違規的重要方式。在此次審計中，這兩種手段的涉及金額占到了抽查項目合同總金額的36%。其中，建設單位違規直接發包和指定分包工程17.96億元，施工單位違規轉分包工程72.39億元。施工單位違規收取分包單位的管理費，甚至把工程分包給不具備相應資質的施工隊甚至個體包工頭，嚴重損害了工程質量。
地方領導濫用職權，插手工程招投標謀取私利，也是招投標環節的常見問題。如青島市交通局原局長等人在黑龍江省同江至海南省三亞高速公路青島段建設過程中，將部分工程項目指定一名臨時工假冒和借用其他公司名義承包，并按高價結算，造成公路建設資金損失1300多萬元。
部分項目中還存在投標和評標的幕后交易。有一些單位和個人，以“中介服務”為幌子，采取各種手段“幫助”施工單位中標。
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